Святой Иоанн родился под именем Хуан де Йепес Альварес в еврейской семье превращается в небольшой общине недалеко от Авилы.
Эта поездка будет влиять на его поздних работах, как Фрай Луис де Леон учил библейских исследований (толкование, иврите и арамейском) в университете. Леон был одним из ведущих специалистов в библейских исследований, то написал важный и спорный перевод Песни песней на испанском языке. (Перевод Библии на своем родном языке не было разрешено, то в Испании).
Его отец умер, когда он был молод, и поэтому Иоанн, два его старших брата и его овдовевшая мать боролась с нищетой, движущихся и живущих в различных кастильской деревни, с последним из которых является Медина-дель-Кампо, куда он переехал в 1551 году.
Там он работал в больнице и изучал гуманитарные науки в Общество Иисуса (иезуитский) школы с 1559 по 1563 goda.Obschestvo Иисуса была новая организация, в то время, будучи основана несколько лет назад в испанском Св. Игнатия Лойолы. 24 февраля 1563, он вступил в орден кармелитов, приняв имя. Хуан-де-Санто-Матия.
В следующем году (1564) он исповедовал, как кармелитов (прошел путь от начинающего статус) и переехал в Саламанке, где изучал теологию и философию в университете и в Colegio-де-Сан-Андрес.